Biomonitoring lesních ekosystémů NPŠ ponechaných samovolnému vývoji (2008 – nyní; Správa NP Šumava)
Přeshraniční mapování lesních ekosystémů – cesta ke společnému managementu NP Šumava a NP Bavorský les (2017-2019, projekt č. 99 interreg V, J. Červenka)
Silva Gabreta Monitoring – Realizace přeshraničního monitoringu biodiversity a vodního režimu (2016-2019, projekt č. 26 interreg V, Z. Křenová)
Vliv přirozeného rozpadu horských smrkových porostů na mikroklima, chemismus a biodiversitu terestrických a vodních ekosystémů (2012–2016; GAČR P504/12/1218; J. Kopáček)
Analýza dynamiky horského smrkového lesa na vybraných lokalitách v České republice a Rumunsku s využitím historických a dendroekologických metod (2011–2014; MŠMT LH11043; M. Svoboda)
Rekonstrukce režimu přirozených disturbancí v horských smrkových pralesích (2010–2014; GAČR P504/10/1644; M. Svoboda)
Význam disturbancí pro dynamiku temperátních horských smrkových lesů - krajinný simulační model Šumavy (2010–2014; GAČR P504/10/0843; M. Svoboda)